| 18. Jornada | 19.01.2013 | Manisaspor | - | Karşıyaka SK | 1:0 |  |
|||
| 19. Jornada | 26.01.2013 | Karşıyaka SK | - | Şanlıurfaspor | 1:0 | ||||
| 20. Jornada | 03.02.2013 | MKE Ankaragücü | - | Karşıyaka SK | 1:1 | ||||
| 21. Jornada | 09.02.2013 | Karşıyaka SK | - | Bucaspor | 1:0 | ||||
| 22. Jornada | 16.02.2013 | 1461 Trabzon | - | Karşıyaka SK | 3:2 | ||||
| 23. Jornada | 24.02.2013 | Karşıyaka SK | - | Gaziantep Bld.Spor | 0:0 | ||||
| 24. Jornada | 02.03.2013 | Adana Demirspor | - | Karşıyaka SK | 0:2 | ||||
| 25. Jornada | 10.03.2013 | Karşıyaka SK | - | Tavşanlı Linyitspor | 0:0 | ||||
| 26. Jornada | 17.03.2013 | Göztepe | - | Karşıyaka SK | 3:2 | |
|||
| 27. Jornada | 24.03.2013 | Karşıyaka SK | - | Samsunspor | 0:1 | |
|||
| 29. Jornada | 06.04.2013 | Karşıyaka SK | - | Çaykur Rizespor | 0:1 | ||||
| 30. Jornada | 14.04.2013 | Denizlispor | - | Karşıyaka SK | 1:2 | ||||
| 31. Jornada | 20.04.2013 | Karşıyaka SK | - | Torku Konyaspor | 1:1 | ||||
| 32. Jornada | 28.04.2013 | Erciyesspor | - | Karşıyaka SK | 0:1 | |
|||
| 33. Jornada | 05.05.2013 | Karşıyaka SK | - | Adanaspor | 0:2 | ||||
| 34. Jornada | 12.05.2013 | Kartalspor | - | Karşıyaka SK | 4:3 |
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