| 11. Jornada | 14.10.2016 | SG Sonnenhof Großaspach | - | SC Paderborn 07 | 2:3 | ||||
| 18. Jornada | 10.12.2016 | Preußen Münster | - | SC Paderborn 07 | 0:1 | ||||
| 19. Jornada | 17.12.2016 | SC Paderborn 07 | - | VfL Osnabrück | 3:1 |  |
|||
| 20. Jornada | 28.01.2017 | SC Paderborn 07 | - | MSV Duisburg | 0:1 | ||||
| 21. Jornada | 04.02.2017 | Mainz II | - | SC Paderborn 07 | 0:1 | ||||
| 22. Jornada | 11.02.2017 | SC Paderborn 07 | - | 1. FC Magdeburg | 1:1 | ||||
| 23. Jornada | 18.02.2017 | Werder Bremen II | - | SC Paderborn 07 | 1:0 | ||||
| 24. Jornada | 24.02.2017 | SC Paderborn 07 | - | SV Wehen Wiesbaden | 0:1 | ||||
| 25. Jornada | 04.03.2017 | Holstein Kiel | - | SC Paderborn 07 | 2:1 | |
|||
| 34. Jornada | 22.04.2017 | SC Paderborn 07 | - | Sportfreunde Lotte | 3:1 | ||||
| 35. Jornada | 28.04.2017 | Fortuna Köln | - | SC Paderborn 07 | 0:1 | ||||
| 36. Jornada | 06.05.2017 | SC Paderborn 07 | - | FSV Zwickau | 1:1 | ||||
| 37. Jornada | 13.05.2017 | SC Paderborn 07 | - | Preußen Münster | 1:0 | ||||
| 38. Jornada | 20.05.2017 | VfL Osnabrück | - | SC Paderborn 07 | 0:0 | |
Alemania