| 3. Jornada | 28.08.2016 | FC Einheit Rudolstadt | - | FSV Barleben | 1:0 | ||||
| 4. Jornada | 10.09.2016 | FSV Barleben | - | Askania Bernburg | 2:0 | ||||
| 5. Jornada | 17.09.2016 | BSG Chemie Leipzig | - | FSV Barleben | 4:1 | ||||
| 6. Jornada | 24.09.2016 | FSV Barleben | - | SV Merseburg 99 | 2:2 | ||||
| 7. Jornada | 02.10.2016 | VFC Plauen | - | FSV Barleben | 2:3 | ||||
| 8. Jornada | 16.10.2016 | FSV Barleben | - | Germania Halberstadt | 1:4 | ||||
| 9. Jornada | 22.10.2016 | SV SCHOTT Jena | - | FSV Barleben | 0:0 | ||||
| 10. Jornada | 29.10.2016 | FSV Barleben | - | SSV Markranstädt | 1:0 | ||||
| 11. Jornada | 05.11.2016 | Bischofswerdaer FV | - | FSV Barleben | 2:1 | ||||
| 12. Jornada | 19.11.2016 | FSV Barleben | - | VfL Halle 96 | 3:2 | ||||
| 13. Jornada | 27.11.2016 | Inter Leipzig | - | FSV Barleben | 3:1 | ||||
| 15. Jornada | 10.12.2016 | FSV Barleben | - | BSG Wismut Gera | 1:3 |  |
|||
| 16. Jornada | 19.02.2017 | FSV Barleben | - | Union Sandersdorf | 1:1 | ||||
| 17. Jornada | 25.02.2017 | FC Carl Zeiss Jena II | - | FSV Barleben | 7:0 | ||||
| 20. Jornada | 18.03.2017 | FSV Barleben | - | BSG Chemie Leipzig | 0:3 | ||||
| 14. Jornada | 19.04.2017 | Brandenburger SC Süd | - | FSV Barleben | 5:1 |
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