| Primera etapa | 12.08.2016 | Deportivo Municipal | - | Atlético Nacional | 0:5 | ||||
| Primera etapa | 18.08.2016 | Atlético Nacional | - | Deportivo Municipal | 1:0 | ||||
| Segunda etapa | 25.08.2016 | Bolívar | - | Atlético Nacional | 1:1 | ||||
| Segunda etapa | 14.09.2016 | Atlético Nacional | - | Bolívar | 1:0 | ||||
| Octavos de final | 21.09.2016 | Sol de América | - | Atlético Nacional | 1:1 | ||||
| Octavos de final | 28.09.2016 | Atlético Nacional | - | Sol de América | 2:0 | ||||
| Cuartos de final | 20.10.2016 | Coritiba - PR | - | Atlético Nacional | 1:1 |  |
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