| Grupo B | 20.09.2012 | Viktoria Plzeň | - | Académica de Coimbra | 3:1 |  |
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| Grupo B | 04.10.2012 | Atlético | - | Viktoria Plzeň | 1:0 | ||||
| Grupo B | 25.10.2012 | Hapoel Tel Aviv | - | Viktoria Plzeň | 1:2 | |
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| Grupo B | 06.12.2012 | Viktoria Plzeň | - | Atlético | 1:0 | ||||
| Segunda etapa | 14.02.2013 | Nápoles | - | Viktoria Plzeň | 0:3 | |
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| Segunda etapa | 21.02.2013 | Viktoria Plzeň | - | Nápoles | 2:0 | ||||
| Octavos de final | 07.03.2013 | Viktoria Plzeň | - | Fenerbahçe | 0:1 | ||||
| Octavos de final | 14.03.2013 | Fenerbahçe | - | Viktoria Plzeň | 1:1 |
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