| 10. Jornada | 03.11.2012 | FC St. Pauli [Juvenil] | - | Hannover [Juvenil] | 1:1 | ||||
| 16. Jornada | 09.02.2013 | Werder Bremen [Juvenil] | - | FC St. Pauli [Juvenil] | 1:0 | ||||
| 17. Jornada | 17.02.2013 | FC St. Pauli [Juvenil] | - | Rot-Weiß Erfurt [Juvenil] | 3:2 |  |
|||
| 18. Jornada | 23.02.2013 | VfL Osnabrück [Juvenil] | - | FC St. Pauli [Juvenil] | 2:1 | ||||
| 19. Jornada | 03.03.2013 | FC St. Pauli [Juvenil] | - | Wolfsburgo [Juvenil] | 0:5 | ||||
| 9. Jornada | 10.03.2013 | Chemnitzer FC [Juvenil] | - | FC St. Pauli [Juvenil] | 1:4 | ||||
| 14. Jornada | 13.03.2013 | FC Carl Zeiss Jena [Juvenil] | - | FC St. Pauli [Juvenil] | 1:1 | ||||
| 15. Jornada | 24.03.2013 | FC St. Pauli [Juvenil] | - | Hallescher FC [Juvenil] | 2:1 | ||||
| 22. Jornada | 14.04.2013 | FC St. Pauli [Juvenil] | - | Chemnitzer FC [Juvenil] | 1:0 | ||||
| 23. Jornada | 21.04.2013 | Hannover [Juvenil] | - | FC St. Pauli [Juvenil] | 3:2 | ||||
| 24. Jornada | 27.04.2013 | FC St. Pauli [Juvenil] | - | Hamburgo [Juvenil] | 1:0 | ||||
| 20. Jornada | 02.05.2013 | Hansa Rostock [Juvenil] | - | FC St. Pauli [Juvenil] | 2:1 | ||||
| 25. Jornada | 05.05.2013 | Holstein Kiel [Juvenil] | - | FC St. Pauli [Juvenil] | 3:2 |
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