| Grupo D | 04.04.2024 | Botafogo - RJ | - | Atlético Junior | 1:3 |  |
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| Grupo D | 10.04.2024 | Atlético Junior | - | Universitario de Deportes | 1:1 | ||||
| Grupo D | 24.04.2024 | Atlético Junior | - | LDU Quito | 1:1 | ||||
| Grupo D | 08.05.2024 | Universitario de Deportes | - | Atlético Junior | 1:1 | ||||
| Grupo D | 15.05.2024 | LDU Quito | - | Atlético Junior | 0:1 | ||||
| Grupo D | 29.05.2024 | Atlético Junior | - | Botafogo - RJ | 0:0 |  |
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| Octavos de final | 14.08.2024 | Colo-Colo | - | Atlético Junior | 1:0 | |
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| Octavos de final | 21.08.2024 | Atlético Junior | - | Colo-Colo | 1:2 |
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