| Primera etapa | 27.01.2006 | Defensor Sporting | - | Santa Fe | 2:2 |  |
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| Primera etapa | 02.02.2006 | Santa Fe | - | Defensor Sporting | 0:0 | |
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| Grupo 2 | 10.02.2006 | Sporting Cristal | - | Santa Fe | 1:2 | ||||
| Grupo 2 | 16.02.2006 | Santa Fe | - | Bolívar | 2:2 | ||||
| Grupo 2 | 10.03.2006 | Santa Fe | - | Estudiantes | 3:1 |  |
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| Grupo 2 | 21.03.2006 | Estudiantes | - | Santa Fe | 1:0 | ||||
| Grupo 2 | 29.03.2006 | Bolívar | - | Santa Fe | 1:0 | |
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| Grupo 2 | 14.04.2006 | Santa Fe | - | Sporting Cristal | 2:1 | ||||
| Octavos de final | 27.04.2006 | Deportivo Guadalajara | - | Santa Fe | 3:0 | ||||
| Octavos de final | 03.05.2006 | Santa Fe | - | Deportivo Guadalajara | 3:1 |
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