| 1. Jornada | 22.08.2009 | Ergotelis | - | Panathinaikos | 0:3 | ||||
| 2. Jornada | 30.08.2009 | Panathinaikos | - | Skoda Xanthi | 1:0 | ||||
| 5. Jornada | 27.09.2009 | AEK Athen | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| 6. Jornada | 05.10.2009 | Panathinaikos | - | AE Lárissa | 4:0 |  |
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| 7. Jornada | 18.10.2009 | AO Kavala | - | Panathinaikos | 2:2 | ||||
| 8. Jornada | 25.10.2009 | Panathinaikos | - | PAOK Saloniki | 2:1 | ||||
| 9. Jornada | 01.11.2009 | Panathinaikos | - | Panionios GSS | 2:1 | |
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| 10. Jornada | 08.11.2009 | Levadiakos | - | Panathinaikos | 0:2 | ||||
| 11. Jornada | 22.11.2009 | Panathinaikos | - | Asteras Tripolis | 1:1 | |
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| 12. Jornada | 29.11.2009 | Olympiacos | - | Panathinaikos | 2:0 | ||||
| 14. Jornada | 12.12.2009 | Iraklis Saloniki | - | Panathinaikos | 0:1 | ||||
| 27. Jornada | 21.03.2010 | Panathinaikos | - | Olympiacos | 0:1 | ||||
| 30. Jornada | 18.04.2010 | PAS Giannina | - | Panathinaikos | 0:1 |  |
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