| 1. Jornada | 31.07.2016 | El Nacional | - | Deportivo Cuenca | 2:3 | ||||
| 2. Jornada | 06.08.2016 | Deportivo Cuenca | - | Aucas | 1:1 |  |
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| 3. Jornada | 13.08.2016 | Mushuc Runa | - | Deportivo Cuenca | 3:2 | ||||
| 11. Jornada | 01.10.2016 | LDU Quito | - | Deportivo Cuenca | 1:2 | ||||
| 13. Jornada | 15.10.2016 | Barcelona | - | Deportivo Cuenca | 5:0 | ||||
| 14. Jornada | 20.10.2016 | Deportivo Cuenca | - | Delfín SC | 3:1 | |
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| 16. Jornada | 30.10.2016 | Deportivo Cuenca | - | Independiente del Valle | 0:1 | ||||
| 17. Jornada | 04.11.2016 | Fuerza Amarilla | - | Deportivo Cuenca | 3:0 | ||||
| 19. Jornada | 19.11.2016 | Club Deportivo River Plate Ecuador | - | Deportivo Cuenca | 2:1 | |
Ecuador