| 6. Jornada | 06.03.2016 | Delfín SC | - | Mushuc Runa | 1:1 | ||||
| 7. Jornada | 13.03.2016 | Mushuc Runa | - | Barcelona | 1:1 |  |
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| 8. Jornada | 19.03.2016 | LDU Quito | - | Mushuc Runa | 1:0 | ||||
| 9. Jornada | 26.03.2016 | Mushuc Runa | - | Deportivo Cuenca | 0:1 | ||||
| 10. Jornada | 03.04.2016 | Independiente del Valle | - | Mushuc Runa | 2:1 | ||||
| 11. Jornada | 09.04.2016 | Mushuc Runa | - | El Nacional | 0:2 | |
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| 17. Jornada | 26.06.2016 | Mushuc Runa | - | Delfín SC | 5:1 | ||||
| 13. Jornada | 29.06.2016 | Mushuc Runa | - | Independiente del Valle | 1:3 | ||||
| 19. Jornada | 09.07.2016 | Universidad Catolica | - | Mushuc Runa | 1:1 | |
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| 20. Jornada | 13.07.2016 | Mushuc Runa | - | Fuerza Amarilla | 0:2 |  |
Ecuador