| 17. Jornada | 22.02.2009 | Sigma Olomouc | - | Sparta Praga | 0:1 | ||||
| 18. Jornada | 01.03.2009 | FK Baumit Jablonec | - | Sigma Olomouc | 1:0 | ||||
| 19. Jornada | 08.03.2009 | Sigma Olomouc | - | FK Mladá Boleslav | 2:2 | ||||
| 20. Jornada | 15.03.2009 | Sigma Olomouc | - | SK Kladno | 1:3 | ||||
| 21. Jornada | 22.03.2009 | 1. FC Brno | - | Sigma Olomouc | 1:2 | ||||
| 25. Jornada | 26.04.2009 | Slovan Liberec | - | Sigma Olomouc | 0:1 |  |
|||
| 26. Jornada | 03.05.2009 | Sigma Olomouc | - | FK Teplice | 2:1 | ||||
| 27. Jornada | 09.05.2009 | 1. FK Příbram | - | Sigma Olomouc | 2:1 | ||||
| 29. Jornada | 23.05.2009 | Baník Ostrava | - | Sigma Olomouc | 1:1 |  |
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