| 1. Jornada | 06.08.2006 | Atlas Guadalajara | - | Pumas UNAM | 1:0 |  |
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| 2. Jornada | 13.08.2006 | UAG Tecos | - | Atlas Guadalajara | 1:6 | ||||
| 3. Jornada | 20.08.2006 | Atlas Guadalajara | - | CF América | 2:0 | ||||
| 4. Jornada | 27.08.2006 | Monarcas Morelia | - | Atlas Guadalajara | 1:1 | ||||
| 5. Jornada | 31.08.2006 | Atlas Guadalajara | - | Club San Luis | 0:1 | ||||
| 6. Jornada | 03.09.2006 | UANL Tigres | - | Atlas Guadalajara | 1:1 | |
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| 7. Jornada | 10.09.2006 | Atlante | - | Atlas Guadalajara | 0:2 | ||||
| 8. Jornada | 14.09.2006 | Atlas Guadalajara | - | Veracruz (old) | 3:1 | ||||
| 10. Jornada | 24.09.2006 | Atlas Guadalajara | - | Deportivo Toluca | 0:0 | |
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| 11. Jornada | 01.10.2006 | Santos Laguna | - | Atlas Guadalajara | 1:1 | ||||
| 12. Jornada | 08.10.2006 | Atlas Guadalajara | - | CF Pachuca | 1:1 | ||||
| 14. Jornada | 22.10.2006 | Atlas Guadalajara | - | CF Monterrey | 2:1 | ||||
| 15. Jornada | 29.10.2006 | Deportivo Guadalajara | - | Atlas Guadalajara | 3:1 | ||||
| 16. Jornada | 05.11.2006 | Atlas Guadalajara | - | Club Necaxa | 2:1 |  |
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| 17. Jornada | 11.11.2006 | Gallos Blancos (old) | - | Atlas Guadalajara | 1:1 |
México