| 1. Jornada | 29.07.2013 | Envigado FC | - | Atlético Junior | 0:1 | ||||
| 2. Jornada | 04.08.2013 | Atlético Junior | - | Once Caldas | 1:0 |  |
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| 3. Jornada | 11.08.2013 | Boyacá Chicó | - | Atlético Junior | 1:1 | ||||
| 4. Jornada | 18.08.2013 | Atlético Junior | - | Deportivo Pasto | 0:1 | ||||
| 5. Jornada | 22.08.2013 | Cúcuta Deportivo | - | Atlético Junior | 1:5 | ||||
| 8. Jornada | 02.09.2013 | Atlético Junior | - | Atlético Nacional | 0:1 | |
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| 10. Jornada | 20.09.2013 | Itagüi Ditaires | - | Atlético Junior | 4:0 |  |
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| 12. Jornada | 29.09.2013 | Patriotas FC | - | Atlético Junior | 0:2 | ||||
| 13. Jornada | 03.10.2013 | Atlético Junior | - | Deportivo Cali | 1:1 | ||||
| 14. Jornada | 05.10.2013 | Alianza Petrolera | - | Atlético Junior | 1:1 | |
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| 15. Jornada | 20.10.2013 | Deportes Tolima | - | Atlético Junior | 3:3 | |
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| 16. Jornada | 27.10.2013 | Atlético Junior | - | Millonarios | 3:2 | |
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| 18. Jornada | 10.11.2013 | Atlético Junior | - | Independiente Medellín | 3:2 |  |
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