| 1. Jornada | 31.01.2016 | Atlético Junior | - | Atlético Huila | 1:0 | ||||
| 2. Jornada | 06.02.2016 | Independiente Medellín | - | Atlético Junior | 0:1 | ||||
| 3. Jornada | 15.02.2016 | Atlético Junior | - | Patriotas FC | 1:0 | ||||
| 5. Jornada | 21.02.2016 | Atlético Junior | - | Deportivo Pasto | 2:2 |  |
|||
| 8. Jornada | 06.03.2016 | Águilas Doradas | - | Atlético Junior | 2:1 | ||||
| 9. Jornada | 14.03.2016 | Atlético Junior | - | Deportes Tolima | 2:1 | ||||
| 11. Jornada | 03.04.2016 | Fortaleza FC | - | Atlético Junior | 1:2 | ||||
| 12. Jornada | 09.04.2016 | Atlético Junior | - | Atlético Nacional | 3:3 | ||||
| 13. Jornada | 17.04.2016 | Once Caldas | - | Atlético Junior | 0:0 | ||||
| 14. Jornada | 24.04.2016 | Atlético Junior | - | Boyacá Chicó | 1:1 | ||||
| 17. Jornada | 08.05.2016 | Atlético Junior | - | Deportivo Cali | 2:0 | |
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| 18. Jornada | 15.05.2016 | Envigado FC | - | Atlético Junior | 1:1 | ||||
| 19. Jornada | 22.05.2016 | Atlético Junior | - | Cortuluá | 2:1 |
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