| 1. Jornada | 31.08.2008 | Osasuna | - | Villarreal | 1:1 | ||||
| 2. Jornada | 14.09.2008 | Villarreal | - | Deportivo | 1:0 |  |
|||
| 3. Jornada | 21.09.2008 | Numancia | - | Villarreal | 1:2 | ||||
| 6. Jornada | 04.10.2008 | Villarreal | - | Betis | 2:1 | ||||
| 7. Jornada | 18.10.2008 | Espanyol | - | Villarreal | 0:0 | ||||
| 10. Jornada | 09.11.2008 | Villarreal | - | Almería | 2:1 | ||||
| 11. Jornada | 16.11.2008 | Málaga | - | Villarreal | 2:2 | ||||
| 12. Jornada | 22.11.2008 | Villarreal | - | Valladolid | 0:3 | ||||
| 15. Jornada | 14.12.2008 | Sevilla | - | Villarreal | 1:0 | ||||
| 16. Jornada | 21.12.2008 | Villarreal | - | Barcelona | 1:2 | |
|||
| 19. Jornada | 18.01.2009 | Villarreal | - | Mallorca | 2:0 | ||||
| 21. Jornada | 01.02.2009 | Deportivo | - | Villarreal | 3:0 | ||||
| 23. Jornada | 15.02.2009 | Real Racing | - | Villarreal | 1:1 | ||||
| 26. Jornada | 07.03.2009 | Villarreal | - | Espanyol | 1:0 | |
|||
| 27. Jornada | 15.03.2009 | Atlético | - | Villarreal | 3:2 | ||||
| 29. Jornada | 04.04.2009 | Almería | - | Villarreal | 3:0 | ||||
| 30. Jornada | 11.04.2009 | Villarreal | - | Málaga | 0:2 | |
|||
| 37. Jornada | 23.05.2009 | Villarreal | - | Valencia | 3:1 | |
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