| 10. Jornada | 21.09.2016 | FC Koper | - | NK Maribor | 1:2 | ||||
| 11. Jornada | 25.09.2016 | NK Aluminij | - | FC Koper | 0:0 | ||||
| 13. Jornada | 16.10.2016 | NK Celje | - | FC Koper | 1:1 | ||||
| 14. Jornada | 22.10.2016 | FC Koper | - | NK Domžale | 1:3 | ||||
| 15. Jornada | 30.10.2016 | NK Radomlje | - | FC Koper | 1:3 | ||||
| 16. Jornada | 06.11.2016 | FC Koper | - | Olimpija Ljubljana | 1:2 | ||||
| 22. Jornada | 26.02.2017 | FC Koper | - | NK Celje | 1:1 | ||||
| 30. Jornada | 22.04.2017 | FC Koper | - | Rudar Velenje | 1:0 | ||||
| 31. Jornada | 30.04.2017 | NK Celje | - | FC Koper | 2:2 | ||||
| 32. Jornada | 06.05.2017 | FC Koper | - | NK Domžale | 3:0 |  |
|||
| 35. Jornada | 21.05.2017 | NK Krško | - | FC Koper | 1:1 | ||||
| 36. Jornada | 27.05.2017 | FC Koper | - | ND Gorica | 0:1 |
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