| 3. Jornada | 01.09.2008 | SC Freiburg | - | Hansa Rostock | 1:0 | ||||
| 4. Jornada | 14.09.2008 | Hansa Rostock | - | Mainz | 2:2 |  |
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| 5. Jornada | 19.09.2008 | Rot Weiss Ahlen | - | Hansa Rostock | 2:2 | ||||
| 6. Jornada | 26.09.2008 | Hansa Rostock | - | FC St. Pauli | 3:0 | ||||
| 9. Jornada | 24.10.2008 | FSV Frankfurt | - | Hansa Rostock | 0:0 | ||||
| 11. Jornada | 02.11.2008 | Rot-Weiß Oberhausen | - | Hansa Rostock | 1:0 | ||||
| 13. Jornada | 17.11.2008 | 1. FC Kaiserslautern | - | Hansa Rostock | 6:0 |  |
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| 16. Jornada | 08.12.2008 | 1. FC Nürnberg | - | Hansa Rostock | 4:0 | ||||
| 17. Jornada | 14.12.2008 | Hansa Rostock | - | SV Wehen Wiesbaden | 1:0 | ||||
| 24. Jornada | 15.03.2009 | Hansa Rostock | - | Ingolstadt | 1:1 | ||||
| 25. Jornada | 20.03.2009 | TuS Koblenz | - | Hansa Rostock | 1:1 | ||||
| 26. Jornada | 05.04.2009 | Hansa Rostock | - | FSV Frankfurt | 2:0 |
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