| 9. Jornada | 13.10.2012 | Villarreal | - | Huesca | 1:1 | ||||
| 23. Jornada | 25.01.2013 | Villarreal | - | CE Sabadell | 3:0 | ||||
| 24. Jornada | 02.02.2013 | CD Guadalajara | - | Villarreal | 0:0 | ||||
| 32. Jornada | 31.03.2013 | Mirandés | - | Villarreal | 1:5 | ||||
| 33. Jornada | 07.04.2013 | Villarreal | - | Numancia | 6:1 |  |
|||
| 34. Jornada | 14.04.2013 | Real Murcia | - | Villarreal | 1:1 | ||||
| 35. Jornada | 21.04.2013 | Villarreal | - | Real Racing | 1:0 | ||||
| 37. Jornada | 05.05.2013 | Villarreal | - | Elche | 2:3 | ||||
| 38. Jornada | 12.05.2013 | Alcorcón | - | Villarreal | 1:3 | |
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| 39. Jornada | 18.05.2013 | Villarreal | - | Girona | 4:1 | ||||
| 40. Jornada | 27.05.2013 | Villarreal | - | Xerez CD | 3:2 |  |
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| 42. Jornada | 08.06.2013 | Villarreal | - | Almería | 1:0 |  |
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