| 26. Jornada | 03.02.2013 | CD Trofense | - | FC Penafiel | 1:0 | ||||
| 27. Jornada | 10.02.2013 | Vitória Guimarães B | - | CD Trofense | 0:0 | ||||
| 28. Jornada | 17.02.2013 | CD Trofense | - | Sporting CP B | 0:0 |  |
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| 29. Jornada | 24.02.2013 | Sporting Covilhã | - | CD Trofense | 1:1 | ||||
| 30. Jornada | 03.03.2013 | CD Trofense | - | Atlético CP | 3:2 |  |
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| 31. Jornada | 10.03.2013 | CS Marítimo B | - | CD Trofense | 3:0 | |
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| 32. Jornada | 17.03.2013 | CD Trofense | - | FC Arouca | 0:1 | ||||
| 33. Jornada | 30.03.2013 | UD Oliveirense | - | CD Trofense | 0:0 | |
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| 34. Jornada | 07.04.2013 | SC Freamunde | - | CD Trofense | 4:2 | |
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| 35. Jornada | 12.04.2013 | CD Trofense | - | Oporto B | 4:2 | |
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| 36. Jornada | 17.04.2013 | CD Santa Clara | - | CD Trofense | 0:1 | ||||
| 37. Jornada | 21.04.2013 | CD Trofense | - | Sporting Braga B | 3:0 | |
|||
| 39. Jornada | 04.05.2013 | CD Trofense | - | Benfica B | 2:3 | ||||
| 40. Jornada | 08.05.2013 | CD Feirense | - | CD Trofense | 1:1 | ||||
| 41. Jornada | 12.05.2013 | CD Trofense | - | Os Belenenses | 1:2 | ||||
| 42. Jornada | 18.05.2013 | União da Madeira | - | CD Trofense | 5:3 |
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