| 2. Jornada | 25.08.2012 | CE Sabadell | - | Villarreal | 0:0 | ||||
| 3. Jornada | 01.09.2012 | Villarreal | - | CD Guadalajara | 2:1 | ||||
| 5. Jornada | 16.09.2012 | Villarreal | - | Hércules CF | 1:0 |  |
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| 6. Jornada | 22.09.2012 | Las Palmas | - | Villarreal | 2:2 | ||||
| 7. Jornada | 29.09.2012 | Villarreal | - | Córdoba | 2:0 |  |
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| 8. Jornada | 07.10.2012 | Sporting | - | Villarreal | 2:0 | ||||
| 10. Jornada | 21.10.2012 | RC Recreativo | - | Villarreal | 2:0 |  |
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| 12. Jornada | 03.11.2012 | Numancia | - | Villarreal | 1:1 | |
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| 13. Jornada | 11.11.2012 | Villarreal | - | Real Murcia | 1:1 | ||||
| 14. Jornada | 17.11.2012 | Real Racing | - | Villarreal | 0:3 | ||||
| 15. Jornada | 24.11.2012 | Villarreal | - | Lugo | 1:1 | ||||
| 17. Jornada | 09.12.2012 | Villarreal | - | Alcorcón | 4:0 | |
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| 18. Jornada | 15.12.2012 | Girona | - | Villarreal | 2:0 | ||||
| 19. Jornada | 20.12.2012 | Xerez CD | - | Villarreal | 0:0 | |
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| 20. Jornada | 05.01.2013 | Villarreal | - | Barcelona B | 1:3 | ||||
| 29. Jornada | 10.03.2013 | Villarreal | - | Sporting | 2:1 |
Paraguay
España 
