| Grupo B | 21.08.2016 | Universitario de Deportes | - | Alianza Atlético | 4:0 | ||||
| Grupo B | 24.08.2016 | Comerciantes Unidos | - | Universitario de Deportes | 1:1 | ||||
| Grupo B | 11.09.2016 | Universitario de Deportes | - | Sport Huancayo | 1:0 | ||||
| Grupo B | 18.09.2016 | Alianza Lima | - | Universitario de Deportes | 1:1 | ||||
| Grupo B | 24.09.2016 | Universidad Técnica | - | Universitario de Deportes | 1:1 | ||||
| Grupo B | 02.10.2016 | Universitario de Deportes | - | Ayacucho FC | 4:2 |  |
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| Grupo B | 19.10.2016 | Alianza Atlético | - | Universitario de Deportes | 1:3 | |
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| Grupo B | 23.10.2016 | Universitario de Deportes | - | Comerciantes Unidos | 2:0 | |
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| Grupo B | 27.10.2016 | Universidad San Martín | - | Universitario de Deportes | 4:4 | |
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| Grupo B | 20.11.2016 | Universitario de Deportes | - | Universidad Técnica | 1:1 |  |
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| Grupo B | 23.11.2016 | Ayacucho FC | - | Universitario de Deportes | 1:1 | |
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