| 1. Jornada | 07.08.2016 | Vardar Skopje | - | KF Shkupi | 1:1 | ||||
| 2. Jornada | 14.08.2016 | KF Shkupi | - | FK Rabotnički | 0:1 | ||||
| 4. Jornada | 27.08.2016 | KF Shkupi | - | FK Renova | 0:0 |  |
|||
| 5. Jornada | 11.09.2016 | FK Pobeda Junior | - | KF Shkupi | 2:1 | |
|||
| 7. Jornada | 25.09.2016 | FK Bregalnica Štip | - | KF Shkupi | 1:0 | ||||
| 8. Jornada | 28.09.2016 | KF Shkupi | - | Sileks Kratovo | 1:1 | ||||
| 19. Jornada | 19.02.2017 | Vardar Skopje | - | KF Shkupi | 3:0 | ||||
| 20. Jornada | 26.02.2017 | KF Shkupi | - | FK Rabotnički | 1:1 | ||||
| 21. Jornada | 05.03.2017 | KF Shkëndija 79 | - | KF Shkupi | 0:0 | |
|||
| 22. Jornada | 12.03.2017 | KF Shkupi | - | FK Renova | 3:2 | ||||
| 23. Jornada | 18.03.2017 | FK Pobeda Junior | - | KF Shkupi | 1:1 | ||||
| 25. Jornada | 05.04.2017 | FK Bregalnica Štip | - | KF Shkupi | 3:0 | ||||
| 26. Jornada | 09.04.2017 | KF Shkupi | - | Sileks Kratovo | 3:1 | ||||
| 27. Jornada | 15.04.2017 | Makedonija GP | - | KF Shkupi | 0:0 | ||||
| 28. Jornada | 23.04.2017 | KF Shkupi | - | Vardar Skopje | 0:2 | |
|||
| 29. Jornada | 27.04.2017 | FK Rabotnički | - | KF Shkupi | 0:1 | ||||
| 30. Jornada | 30.04.2017 | KF Shkupi | - | KF Shkëndija 79 | 1:1 |
Macedonia del Norte