| 6. Jornada | 02.09.2006 | FC St. Pauli | - | 1. FC Union Berlin | 0:0 | ||||
| 7. Jornada | 12.09.2006 | SV Wilhelmshaven | - | FC St. Pauli | 3:3 | ||||
| 8. Jornada | 15.09.2006 | FC St. Pauli | - | Bayer Leverkusen II | 2:0 | ||||
| 9. Jornada | 23.09.2006 | Kickers Emden | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 16. Jornada | 11.11.2006 | Fortuna Düsseldorf | - | FC St. Pauli | 2:0 |  |
|||
| 21. Jornada | 21.02.2007 | Borussia Dortmund II | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 24. Jornada | 03.03.2007 | FC St. Pauli | - | Hertha II | 3:0 | ||||
| 25. Jornada | 10.03.2007 | 1. FC Union Berlin | - | FC St. Pauli | 2:0 |  |
|||
| 27. Jornada | 24.03.2007 | Bayer Leverkusen II | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 23. Jornada | 24.04.2007 | Werder Bremen II | - | FC St. Pauli | 0:2 | ||||
| 33. Jornada | 27.04.2007 | FC St. Pauli | - | Rot Weiss Ahlen | 3:0 | ||||
| 34. Jornada | 05.05.2007 | VfL Osnabrück | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 35. Jornada | 12.05.2007 | FC St. Pauli | - | Fortuna Düsseldorf | 2:0 |
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