| 21. Jornada | 04.02.2024 | Náxara CD | - | AD San Juan | 0:0 | ||||
| 22. Jornada | 10.02.2024 | AD San Juan | - | Real Sociedad C | 2:2 | ||||
| 23. Jornada | 18.02.2024 | SD Gernika | - | AD San Juan | 1:0 |  |
|||
| 24. Jornada | 24.02.2024 | AD San Juan | - | CD Brea | 0:0 | ||||
| 25. Jornada | 03.03.2024 | UD Logroñés | - | AD San Juan | 1:0 | ||||
| 26. Jornada | 09.03.2024 | AD San Juan | - | Bilbao Athletic | 1:0 | ||||
| 27. Jornada | 17.03.2024 | UD Barbastro | - | AD San Juan | 1:1 | ||||
| 28. Jornada | 23.03.2024 | AD San Juan | - | CD Izarra | 4:0 | ||||
| 29. Jornada | 30.03.2024 | CD Valle de Egüés | - | AD San Juan | 0:3 | ||||
| 30. Jornada | 06.04.2024 | AD San Juan | - | Alavés B | 1:0 | |
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| 32. Jornada | 20.04.2024 | AD San Juan | - | UD Mutilvera | 3:0 | ||||
| 33. Jornada | 28.04.2024 | AD San Juan | - | Utebo FC | 0:1 | ||||
| 34. Jornada | 05.05.2024 | Arenas de Getxo | - | AD San Juan | 1:1 |
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