| 1. Jornada | 20.08.2016 | Arenas de Getxo | - | CF Fuenlabrada | 2:1 | ||||
| 2. Jornada | 28.08.2016 | CF Fuenlabrada | - | UD Logroñés | 2:1 |  |
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| 3. Jornada | 04.09.2016 | UD SS Reyes | - | CF Fuenlabrada | 5:1 | ||||
| 4. Jornada | 11.09.2016 | CF Fuenlabrada | - | CDA Navalcarnero | 0:2 | |
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| 5. Jornada | 18.09.2016 | CD Mensajero | - | CF Fuenlabrada | 1:1 | ||||
| 6. Jornada | 25.09.2016 | CF Fuenlabrada | - | Real Madrid Castilla | 1:1 | ||||
| 14. Jornada | 13.11.2016 | CD Toledo | - | CF Fuenlabrada | 1:0 | ||||
| 15. Jornada | 20.11.2016 | CF Fuenlabrada | - | UD Socuéllamos | 1:0 | ||||
| 16. Jornada | 27.11.2016 | SD Zamudio | - | CF Fuenlabrada | 4:2 | ||||
| 17. Jornada | 04.12.2016 | CF Fuenlabrada | - | Bilbao Athletic | 0:0 | ||||
| 26. Jornada | 19.02.2017 | CF Fuenlabrada | - | Real Sociedad B | 2:0 | |
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| 27. Jornada | 25.02.2017 | Real Unión | - | CF Fuenlabrada | 1:0 | ||||
| 28. Jornada | 05.03.2017 | CF Fuenlabrada | - | SD Amorebieta | 1:0 | ||||
| 31. Jornada | 26.03.2017 | Albacete | - | CF Fuenlabrada | 0:4 | ||||
| 32. Jornada | 02.04.2017 | Rayo Majadahonda | - | CF Fuenlabrada | 1:1 |
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