| 17. Jornada | 01.03.2009 | FC Winterthur | - | FC La Chaux-de-Fonds | 0:1 | ||||
| 18. Jornada | 08.03.2009 | FC Thun | - | FC Winterthur | 2:4 | ||||
| 21. Jornada | 06.04.2009 | FC Winterthur | - | FC Lugano | 2:2 | ||||
| 22. Jornada | 09.04.2009 | Yverdon Sport FC | - | FC Winterthur | 0:4 |  |
|||
| 23. Jornada | 18.04.2009 | FC Winterthur | - | FC Biel/Bienne | 1:1 |  |
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| 24. Jornada | 22.04.2009 | FC Wil 1900 | - | FC Winterthur | 1:1 | ||||
| 25. Jornada | 26.04.2009 | FC Wohlen | - | FC Winterthur | 0:0 | ||||
| 26. Jornada | 02.05.2009 | FC Winterthur | - | FC Schaffhausen | 1:3 | ||||
| 27. Jornada | 09.05.2009 | FC Stade Nyonnais | - | FC Winterthur | 2:1 |
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