| 3. Jornada | 16.08.2003 | VfR Neumünster | - | Rot-Weiss Essen | 0:3 | ||||
| 4. Jornada | 23.08.2003 | Chemnitzer FC | - | VfR Neumünster | 3:1 |  |
|||
| 5. Jornada | 30.08.2003 | VfR Neumünster | - | SC Paderborn 07 | 1:3 | ||||
| 6. Jornada | 07.09.2003 | Schalke II | - | VfR Neumünster | 1:1 | |
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| 7. Jornada | 13.09.2003 | VfR Neumünster | - | Borussia Dortmund II | 1:2 | ||||
| 8. Jornada | 21.09.2003 | Sachsen Leipzig | - | VfR Neumünster | 3:1 | ||||
| 9. Jornada | 28.09.2003 | VfR Neumünster | - | Colonia | 2:2 | ||||
| 10. Jornada | 04.10.2003 | Werder Bremen II | - | VfR Neumünster | 2:1 | ||||
| 11. Jornada | 11.10.2003 | Preußen Münster | - | VfR Neumünster | 2:2 | ||||
| 12. Jornada | 18.10.2003 | VfR Neumünster | - | KFC Uerdingen 05 | 1:2 | ||||
| 16. Jornada | 15.11.2003 | VfR Neumünster | - | Dynamo Dresden | 0:0 | ||||
| 17. Jornada | 22.11.2003 | Wuppertaler SV | - | VfR Neumünster | 1:1 | ||||
| 18. Jornada | 30.11.2003 | Hamburgo II | - | VfR Neumünster | 2:2 | ||||
| 19. Jornada | 06.12.2003 | VfR Neumünster | - | Holstein Kiel | 1:2 |
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