| 6. Jornada | 14.09.2008 | Dynamo České Budějovice | - | FK Mladá Boleslav | 1:1 | ||||
| 9. Jornada | 05.10.2008 | FK Mladá Boleslav | - | 1. FK Příbram | 3:1 | ||||
| 13. Jornada | 10.11.2008 | FK Mladá Boleslav | - | Baník Ostrava | 0:2 | ||||
| 17. Jornada | 22.02.2009 | FK Mladá Boleslav | - | FK Baumit Jablonec | 1:2 | ||||
| 18. Jornada | 02.03.2009 | FK Mladá Boleslav | - | 1. FC Brno | 2:4 | ||||
| 20. Jornada | 15.03.2009 | FK Mladá Boleslav | - | Dynamo České Budějovice | 0:0 | ||||
| 23. Jornada | 11.04.2009 | 1. FK Příbram | - | FK Mladá Boleslav | 1:1 | ||||
| 24. Jornada | 19.04.2009 | FK Mladá Boleslav | - | FK Teplice | 1:0 | ||||
| 25. Jornada | 27.04.2009 | Slavia Praga | - | FK Mladá Boleslav | 3:3 | ||||
| 28. Jornada | 17.05.2009 | FK Mladá Boleslav | - | Viktoria Plzeň | 1:1 | ||||
| 29. Jornada | 23.05.2009 | Bohemians Praha | - | FK Mladá Boleslav | 2:1 | ||||
| 30. Jornada | 30.05.2009 | FK Mladá Boleslav | - | Sparta Praga | 0:3 |
República Checa