| Octavos de final | 26.09.2006 | Deportes Tolima | - | CF Pachuca | 2:1 |  |
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| Octavos de final | 10.10.2006 | CF Pachuca | - | Deportes Tolima | 5:1 | ||||
| Cuartos de final | 18.10.2006 | CA Lanús | - | CF Pachuca | 0:3 | ||||
| Cuartos de final | 31.10.2006 | CF Pachuca | - | CA Lanús | 2:2 | ||||
| Semifinales | 15.11.2006 | Athletico Paranaense | - | CF Pachuca | 0:1 | ||||
| Semifinales | 22.11.2006 | CF Pachuca | - | Athletico Paranaense | 4:1 | ||||
| Final | 30.11.2006 | CF Pachuca | - | Colo-Colo | 1:1 | ||||
| Final | 13.12.2006 | Colo-Colo | - | CF Pachuca | 1:2 |
México