| 1. Jornada | 31.01.2016 | Atlético Junior | - | Atlético Huila | 1:0 | ||||
| 2. Jornada | 06.02.2016 | Independiente Medellín | - | Atlético Junior | 0:1 |  |
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| 3. Jornada | 15.02.2016 | Atlético Junior | - | Patriotas FC | 1:0 | ||||
| 5. Jornada | 21.02.2016 | Atlético Junior | - | Deportivo Pasto | 2:2 | |
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| 6. Jornada | 26.02.2016 | Alianza Petrolera | - | Atlético Junior | 1:2 |  |
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| 7. Jornada | 28.02.2016 | Atlético Junior | - | Jaguares de Córdoba | 1:0 | ||||
| 8. Jornada | 06.03.2016 | Águilas Doradas | - | Atlético Junior | 2:1 | ||||
| 9. Jornada | 14.03.2016 | Atlético Junior | - | Deportes Tolima | 2:1 | ||||
| 10. Jornada | 19.03.2016 | Jaguares de Córdoba | - | Atlético Junior | 0:2 | |
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| 12. Jornada | 09.04.2016 | Atlético Junior | - | Atlético Nacional | 3:3 | ||||
| 13. Jornada | 17.04.2016 | Once Caldas | - | Atlético Junior | 0:0 | ||||
| 14. Jornada | 24.04.2016 | Atlético Junior | - | Boyacá Chicó | 1:1 | |
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| 16. Jornada | 02.05.2016 | Atlético Junior | - | Atlético Bucaramanga | 1:1 | |
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| 20. Jornada | 29.05.2016 | La Equidad | - | Atlético Junior | 0:0 |
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