| 2. Jornada | 10.07.2016 | Atlético Junior | - | Independiente Medellín | 1:1 |  |
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| 4. Jornada | 18.07.2016 | Atlético Junior | - | Santa Fe | 2:1 | |
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| 5. Jornada | 24.07.2016 | Deportivo Pasto | - | Atlético Junior | 1:1 | ||||
| 6. Jornada | 31.07.2016 | Atlético Junior | - | Alianza Petrolera | 2:0 | |
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| 8. Jornada | 14.08.2016 | Atlético Junior | - | Águilas Doradas | 1:1 | ||||
| 13. Jornada | 18.09.2016 | Atlético Junior | - | Once Caldas | 0:1 | ||||
| 3. Jornada | 08.10.2016 | Patriotas FC | - | Atlético Junior | 3:2 | ||||
| 18. Jornada | 30.10.2016 | Atlético Junior | - | Envigado FC | 2:1 | |
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| 15. Jornada | 04.11.2016 | Atlético Junior | - | Millonarios | 2:1 |
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