| 12. Jornada | 26.10.2008 | Újpest FC | - | Paksi SE | 3:1 | ||||
| 13. Jornada | 01.11.2008 | Paksi SE | - | BFC Siófok | 2:1 | ||||
| 14. Jornada | 08.11.2008 | Szombathelyi Haladás | - | Paksi SE | 0:1 | ||||
| 15. Jornada | 14.11.2008 | Paksi SE | - | Debreceni VSC | 0:2 | ||||
| 16. Jornada | 21.02.2009 | Paksi SE | - | Kecskeméti TE | 2:2 | ||||
| 18. Jornada | 07.03.2009 | Paksi SE | - | Kaposvári RFC | 0:0 |  |
|||
| 19. Jornada | 14.03.2009 | Budapest Honvéd | - | Paksi SE | 1:1 | ||||
| 20. Jornada | 21.03.2009 | Paksi SE | - | MTK Budapest | 0:1 | ||||
| 21. Jornada | 04.04.2009 | Diósgyöri VTK | - | Paksi SE | 1:0 | |
|||
| 23. Jornada | 18.04.2009 | Paksi SE | - | Zalaegerszegi TE | 1:1 | ||||
| 24. Jornada | 25.04.2009 | Győri ETO FC | - | Paksi SE | 4:1 | ||||
| 25. Jornada | 28.04.2009 | Paksi SE | - | FC Fehérvár | 0:1 | ||||
| 26. Jornada | 01.05.2009 | Nyíregyháza Spartacus | - | Paksi SE | 2:2 | ||||
| 17. Jornada | 06.05.2009 | Rákospalotai EAC | - | Paksi SE | 1:2 | ||||
| 27. Jornada | 09.05.2009 | Paksi SE | - | Újpest FC | 3:1 | ||||
| 28. Jornada | 16.05.2009 | BFC Siófok | - | Paksi SE | 1:2 | ||||
| 29. Jornada | 23.05.2009 | Paksi SE | - | Szombathelyi Haladás | 0:2 | |
|||
| 30. Jornada | 30.05.2009 | Debreceni VSC | - | Paksi SE | 2:0 | |
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