| 25. Jornada | 09.02.2013 | Villarreal | - | Ponferradina | 3:0 |  |
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| 26. Jornada | 17.02.2013 | Hércules CF | - | Villarreal | 1:1 | ||||
| 27. Jornada | 24.02.2013 | Villarreal | - | Las Palmas | 1:1 | |
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| 28. Jornada | 03.03.2013 | Córdoba | - | Villarreal | 0:2 | ||||
| 29. Jornada | 10.03.2013 | Villarreal | - | Sporting | 2:1 | ||||
| 30. Jornada | 16.03.2013 | Huesca | - | Villarreal | 0:1 | ||||
| 31. Jornada | 24.03.2013 | Villarreal | - | RC Recreativo | 1:1 | ||||
| 32. Jornada | 31.03.2013 | Mirandés | - | Villarreal | 1:5 | |
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| 33. Jornada | 07.04.2013 | Villarreal | - | Numancia | 6:1 | |
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| 34. Jornada | 14.04.2013 | Real Murcia | - | Villarreal | 1:1 | ||||
| 35. Jornada | 21.04.2013 | Villarreal | - | Real Racing | 1:0 | ||||
| 36. Jornada | 27.04.2013 | Lugo | - | Villarreal | 0:0 | ||||
| 37. Jornada | 05.05.2013 | Villarreal | - | Elche | 2:3 | |
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| 38. Jornada | 12.05.2013 | Alcorcón | - | Villarreal | 1:3 | ||||
| 39. Jornada | 18.05.2013 | Villarreal | - | Girona | 4:1 | |
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| 40. Jornada | 27.05.2013 | Villarreal | - | Xerez CD | 3:2 | ||||
| 41. Jornada | 02.06.2013 | Barcelona B | - | Villarreal | 0:3 | |
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| 42. Jornada | 08.06.2013 | Villarreal | - | Almería | 1:0 | |
Francia