| 2. Jornada | 20.08.2006 | SC Paderborn 07 | - | Augsburgo | 1:0 | ||||
| 4. Jornada | 17.09.2006 | SC Paderborn 07 | - | Kickers Offenbach | 2:1 | ||||
| 5. Jornada | 24.09.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | SC Paderborn 07 | 1:1 |  |
|||
| 6. Jornada | 29.09.2006 | SC Paderborn 07 | - | Colonia | 2:0 | ||||
| 7. Jornada | 15.10.2006 | SC Paderborn 07 | - | TuS Koblenz | 1:2 | ||||
| 10. Jornada | 03.11.2006 | Karlsruher SC | - | SC Paderborn 07 | 3:0 | ||||
| 13. Jornada | 19.11.2006 | SC Paderborn 07 | - | SpVgg Greuther Fürth | 0:0 | ||||
| 14. Jornada | 26.11.2006 | Erzgebirge Aue | - | SC Paderborn 07 | 1:0 | ||||
| 15. Jornada | 01.12.2006 | SC Paderborn 07 | - | SC Freiburg | 1:1 | ||||
| 16. Jornada | 10.12.2006 | MSV Duisburg | - | SC Paderborn 07 | 1:1 | ||||
| 17. Jornada | 17.12.2006 | SC Paderborn 07 | - | Wacker Burghausen | 1:1 | ||||
| 30. Jornada | 22.04.2007 | SpVgg Greuther Fürth | - | SC Paderborn 07 | 3:0 | ||||
| 32. Jornada | 04.05.2007 | SC Freiburg | - | SC Paderborn 07 | 0:1 | ||||
| 34. Jornada | 20.05.2007 | Wacker Burghausen | - | SC Paderborn 07 | 5:1 |
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