| 3. Jornada | 10.08.2016 | Preußen Münster | - | MSV Duisburg | 1:1 | ||||
| 4. Jornada | 13.08.2016 | SG Sonnenhof Großaspach | - | Preußen Münster | 2:0 |  |
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| 5. Jornada | 27.08.2016 | Preußen Münster | - | Mainz II | 1:0 |  |
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| 6. Jornada | 09.09.2016 | Hallescher FC | - | Preußen Münster | 2:1 | ||||
| 7. Jornada | 17.09.2016 | Preußen Münster | - | 1. FC Magdeburg | 2:3 | |
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| 8. Jornada | 21.09.2016 | FSV Frankfurt | - | Preußen Münster | 4:1 | ||||
| 9. Jornada | 24.09.2016 | Preußen Münster | - | Werder Bremen II | 4:0 | ||||
| 10. Jornada | 01.10.2016 | VfR Aalen | - | Preußen Münster | 1:0 | |
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| 11. Jornada | 15.10.2016 | Preußen Münster | - | SV Wehen Wiesbaden | 2:2 | ||||
| 12. Jornada | 22.10.2016 | Sportfreunde Lotte | - | Preußen Münster | 1:0 | ||||
| 14. Jornada | 05.11.2016 | Fortuna Köln | - | Preußen Münster | 0:1 | ||||
| 15. Jornada | 18.11.2016 | Preußen Münster | - | Rot-Weiß Erfurt | 4:0 | ||||
| 18. Jornada | 10.12.2016 | Preußen Münster | - | SC Paderborn 07 | 0:1 |
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