| 1. Jornada | 15.02.2009 | Cienciano | - | FBC Melgar | 2:1 |  |
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| 2. Jornada | 22.02.2009 | José Gálvez | - | Cienciano | 1:1 | ||||
| 3. Jornada | 01.03.2009 | Cienciano | - | Universitario de Deportes | 1:1 | ||||
| 4. Jornada | 08.03.2009 | Sporting Cristal | - | Cienciano | 0:2 | ||||
| 5. Jornada | 15.03.2009 | Cienciano | - | César Vallejo | 1:1 | |
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| 6. Jornada | 22.03.2009 | Sport Huancayo | - | Cienciano | 2:0 | ||||
| 7. Jornada | 05.04.2009 | Cienciano | - | Sport Áncash | 0:0 | ||||
| 8. Jornada | 12.04.2009 | Alianza Lima | - | Cienciano | 2:0 | |
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| 21. Jornada | 12.07.2009 | Cienciano | - | Sport Huancayo | 0:3 | ||||
| 23. Jornada | 26.07.2009 | Cienciano | - | Alianza Lima | 0:2 | ||||
| 25. Jornada | 02.08.2009 | Cienciano | - | Juan Aurich | 5:1 |  |
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Perú