| 3. Jornada | 13.07.2016 | Independiente Medellín | - | Envigado FC | 0:1 | ||||
| 4. Jornada | 17.07.2016 | Cortuluá | - | Independiente Medellín | 3:4 |  |
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| 5. Jornada | 24.07.2016 | Independiente Medellín | - | La Equidad | 1:0 | ||||
| 6. Jornada | 01.08.2016 | Independiente Medellín | - | Atlético Huila | 2:1 |  |
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| 7. Jornada | 08.08.2016 | Deportivo Cali | - | Independiente Medellín | 1:2 | |
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| 8. Jornada | 14.08.2016 | Independiente Medellín | - | Patriotas FC | 3:0 | ||||
| 9. Jornada | 21.08.2016 | Santa Fe | - | Independiente Medellín | 1:1 | ||||
| 10. Jornada | 29.08.2016 | Atlético Nacional | - | Independiente Medellín | 1:0 | |
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| 11. Jornada | 11.09.2016 | Independiente Medellín | - | Deportivo Pasto | 2:0 | ||||
| 14. Jornada | 24.09.2016 | Águilas Doradas | - | Independiente Medellín | 2:2 | |
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| 15. Jornada | 10.10.2016 | Independiente Medellín | - | Deportes Tolima | 1:1 | ||||
| 16. Jornada | 15.10.2016 | Fortaleza FC | - | Independiente Medellín | 2:1 | ||||
| 17. Jornada | 23.10.2016 | Independiente Medellín | - | Atlético Nacional | 2:2 | ||||
| 19. Jornada | 06.11.2016 | Independiente Medellín | - | Boyacá Chicó | 3:2 |
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