| 1. Jornada | 23.07.2016 | FC Schaffhausen | - | FC Wil 1900 | 1:0 |  |
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| 2. Jornada | 31.07.2016 | FC Chiasso | - | FC Schaffhausen | 2:3 | ||||
| 3. Jornada | 07.08.2016 | FC Schaffhausen | - | FC Le Mont | 1:2 | ||||
| 4. Jornada | 11.08.2016 | Servette FC | - | FC Schaffhausen | 0:2 | ||||
| 5. Jornada | 20.08.2016 | FC Aarau | - | FC Schaffhausen | 3:2 | ||||
| 6. Jornada | 27.08.2016 | FC Schaffhausen | - | FC Zürich | 1:3 |  |
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| 7. Jornada | 10.09.2016 | Neuchâtel Xamax FCS | - | FC Schaffhausen | 2:0 | |
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| 8. Jornada | 22.09.2016 | FC Schaffhausen | - | FC Winterthur | 2:2 | |
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| 9. Jornada | 25.09.2016 | FC Schaffhausen | - | FC Wohlen | 0:1 | ||||
| 13. Jornada | 30.10.2016 | FC Le Mont | - | FC Schaffhausen | 1:0 | ||||
| 14. Jornada | 05.11.2016 | FC Schaffhausen | - | Neuchâtel Xamax FCS | 1:4 | ||||
| 15. Jornada | 21.11.2016 | FC Schaffhausen | - | FC Aarau | 2:3 | ||||
| 16. Jornada | 27.11.2016 | FC Winterthur | - | FC Schaffhausen | 0:1 | |
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| 18. Jornada | 11.12.2016 | FC Wohlen | - | FC Schaffhausen | 4:0 | ||||
| 19. Jornada | 05.02.2017 | FC Aarau | - | FC Schaffhausen | 2:2 | ||||
| 21. Jornada | 19.02.2017 | Servette FC | - | FC Schaffhausen | 3:2 |
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