| Primera etapa | 18.09.2008 | Hamburgo | - | FC Unirea | 0:0 | ||||
| Grupo F | 23.10.2008 | MŠK Žilina | - | Hamburgo | 1:2 | ||||
| Grupo F | 27.11.2008 | Hamburgo | - | AFC Ajax | 0:1 | ||||
| Tercera ronda | 18.02.2009 | NEC Nijmegen | - | Hamburgo | 0:3 | ||||
| Tercera ronda | 26.02.2009 | Hamburgo | - | NEC Nijmegen | 1:0 | ||||
| Octavos de final | 12.03.2009 | Hamburgo | - | Galatasaray | 1:1 | ||||
| Octavos de final | 19.03.2009 | Galatasaray | - | Hamburgo | 2:3 |  |
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| Cuartos de final | 09.04.2009 | Hamburgo | - | Manchester City | 3:1 | |
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| Cuartos de final | 16.04.2009 | Manchester City | - | Hamburgo | 2:1 | ||||
| Semifinales | 30.04.2009 | Werder Bremen | - | Hamburgo | 0:1 | ||||
| Semifinales | 07.05.2009 | Hamburgo | - | Werder Bremen | 2:3 |
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