| 18. Jornada | 05.02.2000 | BFC Dynamo | - | 1. FC Magdeburg | 0:2 |  |
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| 19. Jornada | 12.02.2000 | 1. FC Magdeburg | - | Dresdner SC | 0:3 | ||||
| 20. Jornada | 18.02.2000 | VfB Leipzig | - | 1. FC Magdeburg | 1:0 | ||||
| 21. Jornada | 27.02.2000 | 1. FC Magdeburg | - | TeBe Berlin II | 6:1 | |
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| 22. Jornada | 05.03.2000 | 1. FC Magdeburg | - | SV Babelsberg 03 | 1:4 | |
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| 23. Jornada | 11.03.2000 | FSV Zwickau | - | 1. FC Magdeburg | 0:3 | |
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| 27. Jornada | 11.04.2000 | Dynamo Dresden | - | 1. FC Magdeburg | 1:0 | |
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| 28. Jornada | 14.04.2000 | 1. FC Magdeburg | - | Sachsen Leipzig | 0:0 | ||||
| 24. Jornada | 18.04.2000 | 1. FC Magdeburg | - | Rot-Weiß Erfurt | 3:1 | ||||
| 29. Jornada | 22.04.2000 | VFC Plauen | - | 1. FC Magdeburg | 0:2 | ||||
| 31. Jornada | 06.05.2000 | Erzgebirge Aue | - | 1. FC Magdeburg | 1:3 | |
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| 32. Jornada | 09.05.2000 | 1. FC Magdeburg | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:3 |
Alemania
Croacia