| 1. Jornada | 30.07.2016 | Vysočina Jihlava | - | Viktoria Plzeň | 1:2 | ||||
| 2. Jornada | 07.08.2016 | Slovan Liberec | - | Vysočina Jihlava | 1:1 | ||||
| 3. Jornada | 14.08.2016 | Vysočina Jihlava | - | Slavia Praga | 1:1 | ||||
| 4. Jornada | 20.08.2016 | FC Hradec Králové | - | Vysočina Jihlava | 1:0 | ||||
| 5. Jornada | 26.08.2016 | Vysočina Jihlava | - | FK Teplice | 0:2 | ||||
| 6. Jornada | 10.09.2016 | MFK Karviná | - | Vysočina Jihlava | 3:0 | ||||
| 7. Jornada | 17.09.2016 | Vysočina Jihlava | - | FK Jablonec | 1:1 |  |
|||
| 11. Jornada | 21.10.2016 | Vysočina Jihlava | - | FK Dukla Praha | 1:1 | ||||
| 12. Jornada | 29.10.2016 | Zbrojovka Brno | - | Vysočina Jihlava | 1:1 | |
|||
| 13. Jornada | 04.11.2016 | Vysočina Jihlava | - | FK Mladá Boleslav | 2:1 |  |
|||
| 14. Jornada | 18.11.2016 | Vysočina Jihlava | - | FC Fastav Zlín | 1:3 | ||||
| 15. Jornada | 26.11.2016 | 1. FK Příbram | - | Vysočina Jihlava | 0:0 | ||||
| 16. Jornada | 03.12.2016 | Vysočina Jihlava | - | Slovan Liberec | 1:0 | |
|||
| 17. Jornada | 18.02.2017 | Slavia Praga | - | Vysočina Jihlava | 2:0 | ||||
| 18. Jornada | 24.02.2017 | Vysočina Jihlava | - | FC Hradec Králové | 3:1 |
Eslovaquia