| 23. Jornada | 26.01.2013 | Girona | - | CD Guadalajara | 2:0 | ||||
| 24. Jornada | 02.02.2013 | CD Guadalajara | - | Villarreal | 0:0 | ||||
| 26. Jornada | 16.02.2013 | CD Guadalajara | - | Almería | 2:2 | ||||
| 27. Jornada | 24.02.2013 | Real Madrid Castilla | - | CD Guadalajara | 2:1 | ||||
| 29. Jornada | 09.03.2013 | Xerez CD | - | CD Guadalajara | 0:1 | ||||
| 32. Jornada | 30.03.2013 | Las Palmas | - | CD Guadalajara | 0:1 |  |
|||
| 33. Jornada | 07.04.2013 | CD Guadalajara | - | Córdoba | 3:1 | |
|||
| 34. Jornada | 13.04.2013 | Sporting | - | CD Guadalajara | 3:0 | ||||
| 35. Jornada | 20.04.2013 | CD Guadalajara | - | Huesca | 1:0 | ||||
| 36. Jornada | 28.04.2013 | RC Recreativo | - | CD Guadalajara | 1:0 | ||||
| 37. Jornada | 04.05.2013 | CD Guadalajara | - | Mirandés | 1:1 | ||||
| 38. Jornada | 11.05.2013 | Numancia | - | CD Guadalajara | 2:2 |  |
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| 39. Jornada | 20.05.2013 | CD Guadalajara | - | Real Murcia | 3:1 | |
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| 40. Jornada | 26.05.2013 | Real Racing | - | CD Guadalajara | 0:0 | ||||
| 41. Jornada | 02.06.2013 | CD Guadalajara | - | Lugo | 0:1 | ||||
| 42. Jornada | 08.06.2013 | Elche | - | CD Guadalajara | 3:1 | |
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