| 13. Jornada | 12.05.2012 | Sporting Cristal | - | Cienciano | 4:0 | ||||
| 14. Jornada | 20.05.2012 | Cienciano | - | Juan Aurich | 0:1 | ||||
| 15. Jornada | 27.05.2012 | Cobresol FBC | - | Cienciano | 0:2 |  |
|||
| 16. Jornada | 16.06.2012 | Sport Boys | - | Cienciano | 1:1 | ||||
| 17. Jornada | 23.06.2012 | Cienciano | - | Universitario de Deportes | 2:3 | ||||
| 18. Jornada | 27.06.2012 | León de Huánuco | - | Cienciano | 4:1 | ||||
| 19. Jornada | 01.07.2012 | Cienciano | - | Real Garcilaso | 2:0 | ||||
| 20. Jornada | 05.07.2012 | Universidad San Martín | - | Cienciano | 3:2 | ||||
| 27. Jornada | 29.07.2012 | José Gálvez | - | Cienciano | 2:0 |
Perú