| 1. Jornada | 02.03.2013 | Oita Trinita | - | FC Tokyo | 1:2 | ||||
| 4. Jornada | 30.03.2013 | Yokohama F. Marinos | - | FC Tokyo | 3:2 | ||||
| 5. Jornada | 06.04.2013 | FC Tokyo | - | RB Omiya Ardija | 0:1 | ||||
| 6. Jornada | 13.04.2013 | Vegalta Sendai | - | FC Tokyo | 2:1 |  |
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| 7. Jornada | 20.04.2013 | FC Tokyo | - | Nagoya Grampus | 3:1 | |
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| 8. Jornada | 27.04.2013 | FC Tokyo | - | Kawasaki Frontale | 2:0 | ||||
| 9. Jornada | 03.05.2013 | Sagan Tosu | - | FC Tokyo | 2:3 | |
|||
| 10. Jornada | 06.05.2013 | FC Tokyo | - | Júbilo Iwata | 2:2 | ||||
| 14. Jornada | 06.07.2013 | FC Tokyo | - | Sanfrecce Hiroshima | 0:1 | |
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| 16. Jornada | 13.07.2013 | Albirex Niigata | - | FC Tokyo | 0:3 | ||||
| 17. Jornada | 17.07.2013 | FC Tokyo | - | Ventforet Kofu | 4:1 | ||||
| 21. Jornada | 17.08.2013 | FC Tokyo | - | Yokohama F. Marinos | 0:2 | ||||
| 22. Jornada | 24.08.2013 | Júbilo Iwata | - | FC Tokyo | 0:0 | |
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| 23. Jornada | 28.08.2013 | FC Tokyo | - | Sagan Tosu | 2:3 | ||||
| 28. Jornada | 05.10.2013 | FC Tokyo | - | Kashima Antlers | 1:4 | |
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| 29. Jornada | 19.10.2013 | FC Tokyo | - | Albirex Niigata | 2:0 | ||||
| 31. Jornada | 10.11.2013 | FC Tokyo | - | Cerezo Osaka | 1:2 | ||||
| 34. Jornada | 07.12.2013 | FC Tokyo | - | Vegalta Sendai | 2:0 |
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