| 2. Jornada | 09.08.2006 | Bayer Leverkusen II | - | Werder Bremen II | 3:3 | ||||
| 3. Jornada | 12.08.2006 | Werder Bremen II | - | Kickers Emden | 2:1 | ||||
| 4. Jornada | 19.08.2006 | FC St. Pauli | - | Werder Bremen II | 2:1 | ||||
| 5. Jornada | 26.08.2006 | Werder Bremen II | - | Hamburgo II | 3:1 | ||||
| 15. Jornada | 08.11.2006 | Werder Bremen II | - | Borussia Dortmund II | 0:1 | ||||
| 16. Jornada | 11.11.2006 | VfB Lübeck | - | Werder Bremen II | 0:2 |  |
|||
| 18. Jornada | 26.11.2006 | Werder Bremen II | - | Hertha II | 0:1 | ||||
| 19. Jornada | 01.12.2006 | 1. FC Union Berlin | - | Werder Bremen II | 0:2 | ||||
| 25. Jornada | 10.03.2007 | Werder Bremen II | - | Holstein Kiel | 2:3 | ||||
| 26. Jornada | 17.03.2007 | Bor. Mönchengladbach II | - | Werder Bremen II | 2:3 | ||||
| 28. Jornada | 27.03.2007 | VfL Osnabrück | - | Werder Bremen II | 0:0 | ||||
| 29. Jornada | 31.03.2007 | Werder Bremen II | - | Fortuna Düsseldorf | 2:0 | ||||
| 30. Jornada | 07.04.2007 | Rot-Weiß Erfurt | - | Werder Bremen II | 1:1 | |
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| 38. Jornada | 02.06.2007 | Werder Bremen II | - | 1. FC Union Berlin | 3:2 |
Alemania