| 29. Jornada | 23.03.2013 | Bayern Múnich II | - | TSV Buchbach | 3:2 |  |
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| 30. Jornada | 30.03.2013 | VfL Frohnlach | - | Bayern Múnich II | 0:3 |  |
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| 31. Jornada | 07.04.2013 | Bayern Múnich II | - | Eintracht Bamberg | 2:0 | |
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| 27. Jornada | 10.04.2013 | Bayern Múnich II | - | TSV 1860 Rosenheim | 2:3 | ||||
| 32. Jornada | 14.04.2013 | Bayern Múnich II | - | FV Illertissen | 2:1 | ||||
| 25. Jornada | 17.04.2013 | Bayern Múnich II | - | FC Memmingen | 1:2 | ||||
| 33. Jornada | 20.04.2013 | FC Ismaning | - | Bayern Múnich II | 1:3 | ||||
| 28. Jornada | 23.04.2013 | 1. FC Nürnberg II | - | Bayern Múnich II | 1:3 | |
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| 34. Jornada | 26.04.2013 | Bayern Múnich II | - | SpVgg Greuther Fürth II | 1:0 | ||||
| 26. Jornada | 30.04.2013 | Ingolstadt II | - | Bayern Múnich II | 1:3 | |
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| 35. Jornada | 05.05.2013 | Bayern Múnich II | - | Viktoria Aschaffenburg | 4:0 | ||||
| 36. Jornada | 12.05.2013 | Bayern Múnich II | - | TSV 1896 Rain | 2:0 |
Austria