| 1. Jornada | 17.07.2016 | MŠK Žilina | - | FC DAC 1904 | 2:2 | ||||
| 2. Jornada | 23.07.2016 | MŠK Žilina | - | MFK Ružomberok | 3:2 | ||||
| 3. Jornada | 30.07.2016 | MŠK Žilina | - | 1. FC Tatran Prešov | 4:0 | ||||
| 8. Jornada | 10.09.2016 | MFK Zemplín Michalovce | - | MŠK Žilina | 0:2 | ||||
| 9. Jornada | 17.09.2016 | MŠK Žilina | - | FK Senica | 4:2 | ||||
| 11. Jornada | 01.10.2016 | MŠK Žilina | - | FO ŽP Šport Podbrezová | 1:0 | ||||
| 13. Jornada | 22.10.2016 | MFK Ružomberok | - | MŠK Žilina | 0:2 | ||||
| 14. Jornada | 30.10.2016 | 1. FC Tatran Prešov | - | MŠK Žilina | 1:1 | ||||
| 15. Jornada | 06.11.2016 | MŠK Žilina | - | Spartak Trnava | 7:0 | ||||
| 16. Jornada | 20.11.2016 | Spartak Myjava | - | MŠK Žilina | anu. | ||||
| 17. Jornada | 26.11.2016 | MŠK Žilina | - | Slovan Bratislava | 2:1 | ||||
| 18. Jornada | 03.12.2016 | MŠK Žilina | - | AS Trenčín | 3:0 | ||||
| 32. Jornada | 19.05.2017 | Zlaté Moravce | - | MŠK Žilina | 1:4 |
Eslovaquia