| 17. Jornada | 19.02.2000 | NK Istra Pula | - | NK Varteks | 0:2 |  |
|||
| 18. Jornada | 26.02.2000 | HNK Šibenik | - | NK Istra Pula | 0:1 | |
|||
| 19. Jornada | 29.02.2000 | NK Istra Pula | - | HNK Rijeka | 1:0 | ||||
| 20. Jornada | 04.03.2000 | HNK Cibalia | - | NK Istra Pula | 3:1 |  |
|
||
| 22. Jornada | 11.03.2000 | NK Istra Pula | - | NK Zagreb | 0:0 | ||||
| 23. Jornada | 18.03.2000 | NK Zagreb | - | NK Istra Pula | 4:1 | |
|||
| 24. Jornada | 25.03.2000 | NK Istra Pula | - | HNK Rijeka | 2:1 | ||||
| 26. Jornada | 08.04.2000 | NK Istra Pula | - | Hajduk Split | 1:1 | ||||
| 27. Jornada | 11.04.2000 | Croatia Zagreb | - | NK Istra Pula | 2:0 | |
|||
| 28. Jornada | 15.04.2000 | NK Istra Pula | - | Slaven Belupo | 0:1 | ||||
| 29. Jornada | 24.04.2000 | Hrvatski Dragovoljac | - | NK Istra Pula | 2:0 | ||||
| 30. Jornada | 29.04.2000 | NK Istra Pula | - | NK Vukovar 91 | 4:3 | |
|||
| 33. Jornada | 13.05.2000 | NK Istra Pula | - | HNK Cibalia | 0:1 |
Croacia