| 18. Jornada | 29.01.2017 | FC St. Pauli | - | Stuttgart | 0:1 | ||||
| 19. Jornada | 05.02.2017 | Eintracht Braunschweig | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 20. Jornada | 12.02.2017 | FC St. Pauli | - | Dynamo Dresden | 2:0 | ||||
| 22. Jornada | 27.02.2017 | FC St. Pauli | - | Karlsruher SC | 5:0 | ||||
| 23. Jornada | 04.03.2017 | TSV 1860 München | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 24. Jornada | 10.03.2017 | FC St. Pauli | - | 1. FC Union Berlin | 1:2 | ||||
| 25. Jornada | 18.03.2017 | FC St. Pauli | - | Hannover | 0:0 | ||||
| 26. Jornada | 31.03.2017 | Erzgebirge Aue | - | FC St. Pauli | 1:0 | ||||
| 27. Jornada | 04.04.2017 | FC St. Pauli | - | SV Sandhausen | 0:0 | ||||
| 29. Jornada | 16.04.2017 | FC St. Pauli | - | Würzburger Kickers | 1:0 | ||||
| 30. Jornada | 21.04.2017 | Fortuna Düsseldorf | - | FC St. Pauli | 1:3 | ||||
| 31. Jornada | 28.04.2017 | FC St. Pauli | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 3:0 |  |
|||
| 32. Jornada | 05.05.2017 | 1. FC Kaiserslautern | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 33. Jornada | 14.05.2017 | FC St. Pauli | - | SpVgg Greuther Fürth | 1:1 | ||||
| 34. Jornada | 21.05.2017 | VfL Bochum | - | FC St. Pauli | 1:3 |  |
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